Nel corso dei primi mesi del 2008 Invitalia, insieme all'Unità di valutazione degli investimenti pubblici (UVAL) del Dipartimento per lo Sviluppo e la Coesione Economica del MISE, ha tenuto degli incontri con le Direzioni regionali del MiBAC per individuare le possibili candidature a Polo museale di eccellenza. Nel caso della Sicilia, le ricognizioni sono state effettuate presso l'Assessorato dei Beni culturali e dell'Identità siciliana.

Il Comitato scientifico di indirizzo e alta sorveglianza ha poi selezionato i primi 8 Poli su cui avviare le analisi di prefattibilità: L'Aquila, Sepino, Taranto, Golfo di Napoli, Sibari, Palermo, Sassari - Porto Torres, Melfi - Venosa. 

All'inizio del 2009 il Comitato scientifico ha individuato 9 ulteriori candidature: Olbia, Ragusa, Trapani, Locride, Metaponto, Brindisi, Otranto, Castel del Monte, Napoli.